Il 21 settembre del 1640, su richiesta dei frati cappuccini, venne concesso dal Comune di Bagnaia il “poco di sito” su cui i frati eressero la piccola chiesa intitolata alla Madonna, lungo la strada (ora stradello), che un tempo collegava Bagnaia al convento dei Padri Cappucini di monte Sant’Angelo alla Palanzana.
Dalle fonti acquisite sappiamo che alla data del 1580 i confratelli del Gonfalone posero la prima pietra per la costruzione dell’Oratorio fuori dal borgo, e pochi anni più tardi, nel 1587, decisero di erigere una chiesa sopra l’oratorio. Questo ci fa ricondurre fabbrica dell’oratorio già conclusa con molta probabilità già nel 1587.
Le fonti attestano la chiesa della Madonna del Rosario, già di Santa Maria, presente nel borgo dal 1182. L’attuale aspetto lo dobbiamo all’intervento al Cardinal Federico Lante della Rovere, che nel 1755 la fece restaurare.
La Chiesa di Santo Stefano è attestata dalle fonti sin dal 1355 come sede delle Disciplinatrici, sezione femminile della Compagnia dei Disciplinati di Bagnaia. Le fonti informano riguardo l’uso e la frequentazione della confraternita di una continuità che và per tutto il XV e il XVI secolo.
Attestata già ai primi del ‘500 con il nome di San Sebastiano, la chiesa acquisì negli anni 70 del XVIII sec. l’intitolazione a San Carlo. Nel 1775 con la nomina a pontefice di Giovannangelo Braschi (Cardinale protettore designato per questa chiesetta), la chiesa ebbe un nuovo periodo di splendore, assumendo l’aspetto di come la vediamo ora.
Il 1° novembre del 1611, al completamento dei lavori, la Confraternita del Gonfalone donò alla Comunità Bagnaiola il tempio che divenne da quel momento in poi il polo religioso di Bagnaia. Tra il 1753 e il 1756 il Cardinale Federico Lante fece effettuare dei lavori di ristrutturazione che cambiarono completamente l’aspetto della chiesa rendendola come oggi la vediamo.
Con la delibera del 23 ottobre 1616 dei Priori del Comune di Bagnaia venne stabilito di trasportare l’immagine devozionale della Madonna posta in un’edicola al di fuori della porta, nei locali dell’archivio comunale, facendo nascere così la chiesa intitolata alla Madonna, detta “ della Porta” per via della vicinanza della porta di Borgo.
Dietro la spinta della Confraternita di Sant’Antonio Abate, nacque nella nuova piazza del Borgo “de fori” la chiesa omonima, con la posa della prima pietra benedetta fatta dal cardinale Giovan Francesco Gambara pil 15 dicembre del 1575, come attesta la lapide posta sulla parete esterna destra della chiesa.
Il tempio di San Rocco venne fatto edificare dalla omonima Confraternita nel 1569, ma vide il completamento dell’intera struttura solo nel XVII secolo. Nel 1934 la comunità bagnaiola decise di restaurare il tempietto per trasformarlo in Sacrario dei Caduti.
La prima fonte sicura riguardo la piccola chiesa di San Marco la troviamo nel XVI secolo, alla visita pastorale di Monsignor Alfonso Binarino del gennaio 1574, ma la fattura degli affreschi conservati al suo interno la rimanda alla fine del XV, inizi del XVI secolo.
